채무의 일부를 공탁하고자 하는 경우가 있을 수 있는데, 채무자가 채무를 면하려면 채무액 전부를 공탁하여야 하므로 일부의 공탁은 인정되지 않으며 설사 공탁이 수리되었다 하더라도 일부변제의 효과도 인정되지 않는다.

예) 채무자의 채무액이 근저당 채권최고액을 초과하는 경우에 채무자 겸 근저당권설정자가 그 채무의 일부인 채권최고액과 지연손해금 및 집행비용만을 변제공탁하였다면 일부 공탁에 해당되어 그 변제공탁은 원칙적으로 무효이다(대판80다2712).

다만, 공탁금액이 채무의 총액에 비하여 아주 근소하게 부족한 경우에는 해당 변제공탁은 신의칙상 유효한 것으로 보아야 한다(대판 86다카909).

또한 채무금액에 다툼이 있는 채권에 관하여 채무자가 채무 전액의 변제임을 공탁원인중에 밝히고 공탁한 경우에 그 공탁금을 수령할때 채권의 일부로서 수령한다는 등 별단의 이의유보 의사표시를 하지 않는 이상 채권 전액에 대한 변제공탁의 효력이 인정된다(대판83다카88).  그러나 채권자가 공탁금을 채권의 일부에 충당한다는 이의유보의 의사표시를 하고 이를 수령한 때에는 그 공탁금은 채권의 일부의 변제에 충당된다고 본다(대판 96다14616).